Desde 2002, o Criobanco participa do Programa de Controle de Qualidade Externo em Imuno-hematologia promovido pela Associação Brasileira de Hematologia e Hemoterapia, tendo atingido, já em 2005, o certificado de "ELITE", que reconhece o padrão máximo de qualidade em exames de imunohematologia do programa.
A certificação da qualidade é um metodo voluntário, sistemático e periódico de avaliação da instituição por organismos que não possuem conflito de interesse nem vínculos com a mesma. O Criobanco é certificado pela norma internacional de qualidade ISO 9001/2008 nos processos de criopreservação de células-tronco de cordão umbilical, tendo sido acreditado pelo Inmetro e pelo selo internacional RVA. Ainda em 2011, o Criobanco receberá outras certificações de qualidade relacionadas ao serviço de medicina transfusional e à instituição como um todo, como a da Associação Brasileira de Bancos de Sangue (ABBS) e da Organização Nacional de Acreditação (ONA).

O serviço do Controle de Qualidade do Criobanco pode ser resumido em algumas de suas mais importantes características:
- Padronização de processos por meio de procedimentos validados e aprovados, descritos conforme literatura e métodos consagrados como os mais seguros, modernos e eficazes;
- Promoção da melhoria contínua dos processos e do sistema, por meio do monitoramento dos indicadores da qualidade;
- Avaliação periódica do sistema de gestão, por meio de auditorias internas, realizadas por profissionais da instituição devidamente capacitados, e auditorias externas, realizadas pelas instituições certificadoras;
- Contínuo aperfeiçoamento dos profissionais da instituição.
Para o Criobanco, a gestão da qualidade é especialmente importante, pois traduz a excelência no atendimento aos requisitos de nossos clientes, bem como na segurança e qualidade dos serviços prestados.